《蛋白质分析与数学：生物、医学与医药卫生中的定量化研究（上册）》第一部分是建立ID的内容体系与研究方法.确定它的理论依据、存在意义与基本方法。把蛋白质一级结构数据库看作一个生命语言的文库，并由此作它的语义与语法分析。第二、三部分的对蛋白质空间结构分分析。对此问题由两部分组成，即三维结构与空间形态结构部分。它们的研究目标相同,但思路与方法不同,它们都是大规模空间质点系的结果分析，但所采用的几何模型与计算方法不同。第四部分是在空间结构分析的基础上作它们的动力学分析，把信息动力学与分子动力学相结合的综