淡水红藻对生境的要求较高，大部分种类生活在洁净流动的水体中，也有少数种类分布在静止水体如湖水和池塘中。 由于淡水红藻对水质要求较高，随着水环境污染的日益加重，其生存受到严重威胁，好多种类已被欧洲国家列为濒危物种。 淡水红藻在漫长的进化历史中，其演化历程与生存环境相互作用，一部分遗传信息的改变经过自然选择被固定了下来